奥希替尼联合Pralsetinib治疗因ANK3-RET导致的奥希替尼耐药

奥希替尼联合Pralsetinib治疗因ANK3-RET导致的奥希替尼耐药本站　　尽管大多数携带EGFR（ex19del 或 L858R）突变的转移性非小细胞肺癌（NSCLC）病例对 EGFR 酪氨酸激酶（TKI）奥希替尼有反应，但它们不可避免地会对这种药物产生耐药性

　　尽管大多数携带EGFR（ex19del 或 L858R）突变的转移性非小细胞肺癌（NSCLC）病例对 EGFR 酪氨酸激酶（TKI）奥希替尼有反应，但它们不可避免地会对这种药物产生耐药性。无进展生存的程度取决于奥希替尼耐药的内在或获得性在靶/脱靶机制。在这方面，受体酪氨酸激酶的致癌融合，在 1%-10% 的获得性奥希替尼耐药病例中可检测到，特别相关，因为其中一些可通过特定的 TKI 药物治疗。然而，尽管具有获得性ALK或ROS1的奥希替尼耐药病例融合已显示出对成熟的 ALK/ROS1-TKI 的客观反应 (OR)，由于多变和罕见的融合伙伴以及有限的经验，在奥希替尼治疗期间获得RET融合的患者的治疗和结果更难以设想此设置中的 RET-TKI。在这项研究中，我们描述了一名患有播散性EGFR突变 (EGFR+) NSCLC 的患者，该患者在二线奥希替尼治疗中取得了进展，获得了 ANK3-RET融合以及MDM2扩增和PTEN突变。尽管存在这些显着的基因组组合，但该患者对奥希替尼-pralsetinib 组合的持续 OR 已超过 12 个月，这为ANK3-RET融合作为奥希替尼耐药的重要、有效靶向机制提供了临床证据。

　　患者为 62 岁白人女性，从不吸烟，因疑似垂体腺瘤接受颅内手术。使用 Oncomine 综合分析 v3 (Thermo Fisher Scientific) 对垂体病变进行组织病理学评估，并对 161 个独特的癌症相关基因的单核苷酸变异 (SNV)、插入缺失和拷贝数变异 (CNV) 进行靶向二代测序 (NGS) 分析, Waltham, MA) 发现转移性肺腺癌 (免疫组织化学 CK7+/TTF1+) 与EGFRex19del p.E746_A750delELREA 和阴性程序性死亡配体 1 表达。此外，全身正电子发射断层扫描计算机断层扫描 (PET-CT) 扫描检测到左肺上叶肿瘤和双肺、纵隔淋巴结和 L2 椎骨的多处转移，对应于 T3N2M1c。

　　针对垂体转移的立体定向放射外科手术之后是全身性厄洛替尼治疗。15 个月后观察到原发肿瘤和纵隔淋巴结转移的进展。淋巴结活检和 DNA-NGS 分析揭示了原始的EGFRex19del 和新的EGFR突变 p.T790M。患者开始使用二线 mg，每日一次。在该治疗的 4、7 和 13 个月进行的血浆游离 DNA (cfDNA) 检测显示没有EGFR突变。然而，15 个月后观察到两个肝转移。其中一名活检组织的 DNA-NGS 分析显示，EGFR持续存在ex19del 和 p.T790M 突变，同时在血浆 cfDNA 中再次出现。此外，在这种转移中鉴定了两种推定的抗性机制，MDM2扩增（19 个基因拷贝）和错义PTEN替代 p.C124S（根据 COSMIC和 OncoKB 数据库7在 PTEN 磷酸酶催化结构域中的致癌突变）。因此，认为没有进一步的靶向治疗方案是可能的。该患者在继续使用奥希替尼的同时接受了三个周期的卡铂-培美曲塞治疗，但由于骨髓毒性不能耐受更多的化疗。然而，使用 Archer FusionPlex Lung 试剂盒 (ArcherDX Inc, Boulder, CO) 对来自肝转移灶的 RNA 的补充 NGS 分析显示ANK3-RET染色体 10q 上的融合，断点分别位于 chr10:61994446 和 chr10:43612032 位置。Archer Analysis 软件 v.6.2.1 预测融合在框架内，并在 71.5% 的读取中检测到它。根据COSMIC注释，6个断点都在两个基因的编码序列之外（RET：chr10：4307，正链；ANK3：chr10：6002，负链）。此外，其他基因存在于ANK3和RET之间的染色体 10q 上，表明ANK3-RET融合是基因间的，包括ANK3外显子 1-8 和RET外显子 12-21，具有完全保留的 RET 激酶结构域。

　　从奥希替尼前活检（诊断垂体活检和第一次胸内进展时的肿瘤再活检）分离的 RNA 的回顾性 NGS 未显示ANK3-RET融合。这证实后者是在奥希替尼治疗期间获得的，并且可以解释进展，因为其他RET融合已被报道为对 EGFR-TKI 获得性耐药的机制。因此，开始了 RET-TKI 治疗，使用 pralsetinib 400 mg 每天一次，并继续使用奥希替尼 80 mg 每天一次。2 周后，由于间质性肺炎，这种组合很快暂停，在类固醇治疗后完全解决。患者以减少的剂量恢复联合 TKI 治疗（奥希替尼 40 mg 每天一次，pralsetinib 200 mg 每天一次），没有出现额外的不良事件。1 个月后进行的第一次评估显示混合反应，原发肿瘤消退，一个肝转移消失，另一个生长。在 4 周后的第二次评估中，注意到原发性肿瘤进一步缩小和两个肝转移灶消退。治疗5个月后观察到和腹部疾病稳定（SD）。以下评估显示腹部完全缓解和单个胸膜病变轻微进展，活检显示PTEN突变和MDM2扩增（34 个基因拷贝），但没有 pralsetinib 靶向RET融合。因此，为了控制胸膜病变，奥希替尼的剂量再次增加至 80 mg 每天一次，而 pralsetinib 200 mg 每天一次则维持不变。迄今为止，在治疗 12 个月后进行的最后一次 PET-CT 显示持续的腹部完全反应和 SD（数据未显示）。因此，连续血浆 cfDNA在联合治疗期间未显示EGFR突变再次出现。

　　我们发现获得性 ANK3-RET融合是奥希替尼耐药的可药物机制，这强调了在临床实践中将 RNA-NGS 纳入基因融合以寻找耐药机制和新的靶向治疗选择的重要性。事实上，在 2,522 例肺腺癌的前瞻性基因组分析中使用互补 RNA-NGS 揭示了 DNA-NGS 未检测到的14% 额外的可操作基因融合和MET ex14 改变。由于检测血浆 cfDNA 中的RET融合具有挑战性，只要可行，应在 EGFR-TKI 耐药的情况下进行肿瘤再活检，以通过 RNA-NGS 和组织学转化识别获得性融合。由于获得性奥希替尼的进展之前已经报道了RET融合并用不同的方式治疗，包括在进展后继续使用奥希替尼，用靶向RET 的多 TKI 卡博替尼替代它，或将奥希替尼与 RET-TKI 结合。尽管RET融合在奥希替尼治疗期间比上一代 EGFR-TKI 更频繁地发生，一项大规模的多癌研究确定 NSCLC 患者获得CCDC6-RET(n = 10)、NCOA4-RET( n = 4)，或TRIM24-RET(n = 1) 在第一代/第二代 EGFR-TKI 进展时融合，但未报告这些患者的任何联合 EGFR-TKI-RET-TKI 治疗。在另一项包括 3,505例EGFR+ NSCLC 的研究中，检测到 6 例在厄洛替尼或阿法替尼治疗期间获得RET与CCDC6、NCOA4或TRIM24融合。其中一个以NCOA4-RET融合作为对阿法替尼的耐药机制的病例对阿法替尼-卡博替尼联合治疗有 7 个月的 SD 反应。在使用二线 名患者中，两名患有获得性 CCDC6-RET一个具有NCOA4-RET融合的患者被确定并用奥希替尼-普拉赛替尼组合治疗，获得持续 4 个月的 OR。此外，奥希替尼与另一种 RET-TKI、selpercatinib 联合使用对一组具有获得性 NCOA4-RET、CCDC6-RET、KIF5B-RET或RUFY2-RET融合的EGFR+NSCLC 患者有效，因为 ORR 为 50%，中位持续时间治疗 7.4 个月。我们的案例，在二线奥希替尼取得进展后，获得了与ANK3的RET融合，此设置中未报告的合作伙伴。在将奥希替尼与 pralsetinib 组合后，我们获得了一个持续的 OR，迄今为止已维持超过 12 个月，据我们所知，这是迄今为止使用奥希替尼-RET-TKI 组合报告的最长的时间。这些组合对与ANK3-RET融合相关的奥希替尼耐药性的功效需要在其他情况下进行确认。尽管如此，将奥希替尼与 RET-TKI 联合使用可以抵消由不同RET介导的奥希替尼耐药性。还值得注意的是，在最初因肺毒性中断标准剂量的奥希替尼-普拉塞替尼治疗后，我们已经能够安全地恢复并以两种药物的减少剂量继续联合治疗 9 个月，仍然获得持久的 OR。之后，我们将奥希替尼重新增加至标准剂量，以控制疾病而不引起毒性。这些结果可能与需要双重靶向治疗且具有重叠毒性风险的获得性耐药机制的患者相关，因为他们可能至少在一段时间内仍可从联合药物剂量减少中受益。

　　由于 DNA-NGS 将MDM2扩增和PTEN突变确定为奥希替尼耐药的推定机制，并且我们的患者针对垂体功能不全的永久性类固醇替代以及EGFR+ NSCLC 是免疫治疗的禁忌症，因此只能向她提供化疗。然而，互补的 RNA-NGS 揭示了获得性 ANK3-RET融合，允许使用联合奥希替尼-普拉塞替尼进行进一步的靶向治疗。迄今为止，已在 NSCLC 中报道了48 种不同的RET融合，其中18种均作为EGFR中的新发癌症驱动因子野生型病例和对奥希替尼和其他 EGFR-TKI 耐药的获得性机制。值得注意的是，先前已在EGFR野生型 NSCLC 中鉴定出从头ANK3-RET融合，尽管没有任何关于对 RET-TKI 反应的信息。据我们所知，这是首次将这种融合作为获得性奥希替尼耐药机制的报告，该机制可以通过将 pralsetinib 与奥希替尼联合治疗有效地抵消。我们的报告还将临床相关信息添加到NSCLC基因间RET重排列表中。

　　我们患者同时发生的PTEN突变和MDM2扩增可能导致 TKI 耐药。在奥希替尼治疗下，PTEN取代以前没有被描述过，并且可能与RET融合一起作为平行的耐药机制，因为 PTEN 肿瘤抑制因子抑制了磷脂酰肌醇 3-激酶/蛋白激酶 B/雷帕霉素途径的哺乳动物靶标。伴随的高水平MDM2扩增也可能促进奥希替尼耐药，因为 MDM2 作为 E3 泛素连接酶发挥作用，靶向 p53 肿瘤抑制因子进行蛋白水解和拮抗其转录活性。事实上，共存的MDM2在 EGFR-TKI 治疗的EGFR+ NSCLC中，扩增与较差的结果相关。在诊断活检或第一次再活检中均未发现PTEN突变和MDM2扩增；因此，我们认为它们是获得性 TKI 抗性机制，与ANK3-RET融合一起，反映了晚期EGFR+ NSCLC 在 TKI 进展时的克隆异质性。尽管临床前尝试靶向 MDM2 过表达和 PTEN 失活，但这些改变在临床实践中仍然无法治愈。然而，尽管有这样的组合，我们患者的播散性 NSCLC 对 pralsetinib-osimertinib 组合表现出长期、持续、具有临床意义的反应，进一步揭示了ANK3-RET融合是奥希替尼耐药的关键、可靶向机制。